放射線治療 是惡性程度中低、 但無法切除乾淨時的首選輔助治療選項， 於手術後降至第0期的肥大細胞瘤患犬， 接續接受放射線治療後， 統計上 85~95% 的案例未於術後兩年發展出任何復發。  考量到放療並非於台灣容易取得的治療方式， 執行化學治療作為術後輔助治療 也有部分研究指出對於控制殘存肥大細胞瘤具有幫助。 療程完成後， 初期建議每一到兩個月定期觸診腫瘤原位、 局部淋巴結， 及腹腔超音波影像檢查， 滿半年後， 則調整至每三個月定期追蹤， 若滿一年半後未復發、轉移， 則定期每半年至一年健康檢查及追蹤即可。
       惡性程度高的肥大細胞瘤、 或高轉移風險的、 或者是已轉移的肥大細胞瘤， 並不易透過治療控制， 因此在進行大範圍手術切除後， 即使是手術邊界乾淨的狀況下， 也建議必要執行後續的輔助治療， 盡量延長狗狗的生存時間。  類固醇有機會可以直接抑制肥大細胞的生長， 並且降低肥大細胞所衍生出的局部水腫及發炎，是一個輔助治療的選項， 但統計上發現， 即使是對類固醇有反應的案例， 能夠維持的時間通常都不久， 大多僅幾周的時間。 近年研究發現多個化學治療藥物有機會抑制肥大細胞瘤， 且發現當多種不同化療藥物交替使用時， 反應有可能比單一藥物使用顯著。 但不幸的是， 大部分的狀況下藥物能夠抑制腫瘤的時間， 無法維持太久， 尤其是當巨觀團塊存在身上的時候， 因此全身性的輔助治療， 最建議執行在已進行手術之後。
       上述提及可能發生於肥大細胞瘤的 c-kit 基因突變， 與腫瘤不受控制的分裂生長有關， 近年已有小分子藥物被研發， 標地就是在於抑制這個基因突變路徑。 目前較被廣泛使用的標靶藥物是 Toceranib （商品名 Palladia ）， Toceranib 於近年大型的研究中發現， 高達六成的患犬能夠從這樣的藥物治療中得到不同程度的腫瘤控制， 中位疾病控制時間約落在4至5個月之間。 Toceranib 可能引起消化道的副作用， 例如嘔吐、 下痢、 黑便、 食慾下降、 並可能造成骨髓抑制， 但大部分可透過降低給藥頻率、 劑量、 症狀藥物輔助等等達到緩解。近期研究也指出標靶藥物與其他傳統治療 ( 放射線治療 與 化學治療 )， 合併使用時可能達到加成效果， 或是可於較低的劑量達到相同的治療成果。
       肥大細胞瘤是相對常見的狗狗腫瘤性疾病， 在治療前先做好完整的預後評估對於治療目標與期望會有很大的幫助。 雖然高風險的肥大細胞瘤現今依舊無法根治， 現今已有越來越多新的治療方式， 有望能夠達到更好的腫瘤控制， 並讓狗狗在治療期間得到更好的生活品質。